Лаборатория сканирующей зондовой микроскопии создана в декабре 2005 года и является одной из базовых лабораторий кафедры нанотехнологии физического факультета ЮФУ. В лаборатории имеются 4 комплекта сканирующих зондовых микроскопов NanoEducator, специально разработанных фирмой НТ-МДТ для проведения лабораторных работ. Приборы ориентированы на студенческую аудиторию: они полностью управляются с помощью компьютера, имеют простой и наглядный интерфейс, анимационную поддержку, предполагают поэтапное освоение методик.
В сканирующих зондовых микроскопах исследование микрорельефа поверхности и ее локальных свойств проводится с помощью специальным образом приготовленных зондов в виде игл. Рабочая часть таких зондов (острие) имеет размеры порядка десяти нанометров. Характерное расстояние между зондом и поверхностью образцов в зондовых микроскопах по порядку величин составляет 0,1–10 нм. Работа туннельного микроскопа основана на явлении протекания туннельного тока между металлической иглой и проводящим образцом; различные типы силового взаимодействия лежат в основе работы атомно-силового, магнитно-силового и электросилового микроскопов.