Лаборатория электронной микроскопии оснащена растровым электронным микроскопом FE-SEM Zeiss SUPRA 25 с автоэмиссионным катодом и электрооптической колонной Gemini. Предельное разрешение прибора в данной конфигурации составляет порядка 2 нм, а предельная абсолютная увеличивающая способность – 500 тыс. крат. Прибор оборудован также приставкой INCA Oxford Instruments для энергодисперсионного рентгеноспектрального микроанализа, что позволяет определять элементный состав исследуемых объектов с возможностью построения карт распределения элементов.
